明孝陵是南京迄今唯一一处世界文化遗产，而明孝陵博物馆是关于明太祖朱元璋、世界遗产明孝陵和南京明文化的专题展馆，新馆外观采用了明清时期江南地区的建筑风格，白墙、灰瓦、雕花木门、坡顶屋面、马头墙、花格窗等典型元素的运用，使得整体建筑与周边明孝陵遗存的大金门、四方城等文化遗址和草木葱郁的自然环境相协调，这也与600多年前明孝陵“天人合一”的建造理念不谋而合。 　　 

博物馆的馆名一是请全国书法家协会名誉会长沈鹏先生提的。二是门头的横匾是蒋宏坤市长提写。明孝陵博物馆主要通过历史场景再现、文物陈列、数字多媒体展示等对明孝陵和明文化进行主题演绎。新馆于2009年2月正式对公众免费开放，由《大明孝陵》主题展厅、360°环幕影院、观朴明式家具艺术馆、大明生活馆、临时展厅等组成，占地约5000平方米。